Droit à déduction de la TVA : le Conseil d’Etat précise la notion de lien direct et immédiat

En matière de droit à déduction, le principe est celui de l’affectation. En effet, la TVA ayant grevée un bien ou un service acquis n’est déductible qu’à condition que ladite dépense soit utilisée pour la réalisation d’opérations ouvrant droit à déduction. A défaut, c’est-à-dire si la dépense ne peut pas être affectée à une opération déterminée, la dépense peut être considérée comme entrant dans la catégorie des frais généraux (affectée à l’ensemble de l’activité de l’assujetti) et la TVA ayant grevée ladite dépense est déductible à proportion du coefficient de taxation forfaitaire.

Ce mécanisme traduit le principe de neutralité de la TVA, tout en garantissant l’existence d’un lien direct et immédiat entre une opération particulière en amont et des opérations en aval ouvrant droit à déduction.

Dans deux décisions récentes, le Conseil d’Etat donne des précisions sur l’appréciation de ce lien direct et immédiat pour la détermination de la quote-part de TVA déductible :

1. Conseil d’Etat, 30 juin 2026, n° 502593, SAS Shurgard France : dans cette décision, une société exerçait à la fois une activité de stockage soumise à la TVA et une activité d’intermédiation en assurance exonérée de TVA. L’administration fiscale avait considéré que la plupart des dépenses étaient utilisées conjointement pour ces deux activités et avait, en conséquence, limité le droit à déduction de la TVA en appliquant un coefficient de taxation.
Le Conseil d’Etat précise que pour les biens et services utilisés concurremment pour la réalisation d’opérations ouvrant et n’ouvrant pas droit à déduction la « déductibilité n’est que partielle, y compris dans l’hypothèse particulière où l’assujetti est tenu de répercuter l’intégralité du coût de ces dépenses dans le prix de ses seules opérations taxées ».
En revanche, la Haute juridiction précise que le simple fait qu’une prestation exonérée soit proposée en complément d’une prestation taxable ne suffit pas à établir que les dépenses nécessaires à cette dernière sont également affectées à la prestation exonérée. Il appartient au juge d’examiner, catégorie de dépenses par catégorie de dépenses, si chacune présente un lien direct et immédiat avec les seules opérations ouvrant droit à déduction ou avec les deux activités.

2. Conseil d’Etat, 7 juillet 2026, n° 504974, société Green Project : une société spécialisée dans la valorisation de certificats d’économies d’énergie distribuait gratuitement des ampoules LED à des particuliers et à des bailleurs sociaux afin d’obtenir des certificats d’économies d’énergie (CEE), qu’elle revendait ensuite dans le cadre d’opérations soumises à la TVA.
Le Conseil d’État juge que la gratuité de la remise des ampoules est, à elle seule, sans incidence sur le droit à déduction. Dès lors que le coût d’acquisition de ces ampoules constitue un élément du prix des certificats d’économies d’énergie ultérieurement cédés à titre onéreux, il existe un lien direct et immédiat entre cette dépense et les opérations taxées en aval, ouvrant ainsi droit à déduction de la TVA.
La Haute juridiction écarte également l’argument selon lequel la distribution gratuite ferait obstacle à la déduction. En l’espèce, cette remise constituait la contrepartie nécessaire de l’obtention des CEE, lesquels étaient ensuite valorisés économiquement.

Dans ces décisions, le Conseil d’Etat rappelle le principe applicable en matière de droit à déduction, à savoir le principe de l’affectation et précise qu’une analyse au cas par cas doit être réalisée. Ces décisions sont les bienvenues pour les assujettis et leur permettent d’appréhender au mieux la quote-part de TVA déductible. Néanmoins, et notamment à la lecture de la deuxième décision du Conseil d’Etat la question se pose de la réintégration de la condition financière qui a été abandonnée en 2005 à la suite d’un arrêt de la CJUE (CJUE, 6 octobre 2005, aff. C-243 /03). Pour rappel, en application de la condition financière un assujetti ne pouvait déduire la TVA afférente à une dépense qu’à la condition que son coût fasse partie des éléments constitutifs du prix de ses opérations ouvrant droit à déduction.